Hoewel dit granaatappelsap veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook enkele nadelen om rekening mee te houden. De belangrijkste beperking is de beperkte houdbaarheid na opening: het advies om binnen 10 dagen te consumeren is redelijk kort, vooral als je het sap niet dagelijks gebruikt. Door blootstelling aan zuurstof en licht kan de smaak en kwaliteit snel achteruitgaan, wat betekent dat je ofwel grotere hoeveelheden snel moet gebruiken of kleine batches moet delen onder huisgenoten.
Een ander aandachtspunt is de natuurlijke variatie in smaak en zuurgraad tussen batches of oogstjaren. Omdat het sap 100% puur is en geen stabilisatoren bevat, kun je soms een sterkere bitterheid of meer tannine-achtige tonen proeven dan verwacht, wat niet elke consument aanspreekt. Ook de troebelheid en aanwezigheid van sediment kan voor sommige gebruikers onprettig zijn als ze een helder sap gewend zijn.
Daarnaast speelt de prijs-kwaliteitverhouding een rol: biologische, koudgeperste en ongefilterde sappen zijn in het algemeen duurder dan geperste sapjes in grote volumes. Als je vooral prijsbewust bent en regelmatig grote hoeveelheden sap consumeert, kan het financieel minder aantrekkelijk zijn vergeleken met zelf persen met een slowjuicer of het kopen van grotere commerciële varianten.